|
Nghiên cứu tính đa hình của gen OsHKT1 mã hóa cho protein vận chuyển ion màng nhằm đánh giá khả năng thích nghi với điều kiện mặn của cây lúa
/ TS. Đỗ Thị Phúc (chủ nhiệm đề tài)
, PGS.TS. Nguyễn Thị Hồng Vân, TS. Trần Dụ Chi, TS. Tăng Thị Hạnh, ThS. Trần Thị Thùy Anh, CN. Hoàng Hải Yến.
- Hà Nội :
Trường Đại học Khoa học Tự nhiên
, 2016.
- 29 + Phụ lục
|
|
Thu thập và đánh giá khả năng chịu mặn của các giống lúa sử dụng chỉ tiêu hình thái theo tiêu chuẩn đánh giá SES sử dụng hệ thống trồng lúa thủy canh trong điều kiện phòng thí nghiệm. Kết quả cho thấy các giống lúa được phân chia ra các nhóm: nhóm chịu mặn tốt gồm Pokkali, nếp nõn tre, nếp ồc, hom râu; nhóm chịu mặn trung bình gồm ré mước, mặn D2, ngoi, chiêm cũ; và nhóm chịu mặn kém gồm nếp vải, dâu Ấn Độ, Nipponbare. Điều kiện mặn (lOOmM NaCl trong 3, 7 và 14 ngày xử lý) gây ảnh hưởng làm giảm chiều dài thân, chiều dài rễ, khối lượne thân tươi, khối lượng rễ tươi, chỉ số quang hợp (Fv/Fm) khi so sánh với mẫu đối chứng (không xử lý mặn). Tuy nhiên, mức độ ảnh hưởng phụ thuộc vào thời gian của stress mặn và giống. Xây dựng quy trình đánh giá nhanh khả năng chịu mặn của cây lúa sử dụng hệ thống trồng thủy canh trong phòng thí nghiệm. Trình tự gen OsHKTl được xác định ở các giống lúa nghiên cứu bằng phương pháp giải trình tự gen. So sánh các trình tự gen thu được phát hiện được 9 vị trí đa hình nucleotide trong đó có 2 vị trí đa hình nhầm nghĩa (G50T và T1209A ) và 7 vị trí đa hình đồng nghĩa (A360G, A645G, A708G, G744A, T1000C, G1431A và G1440A). Trình tự axit amin suy diễn từ trình tự nucleotide của gen OsHKTl được xác định và so sánh. Từ đó phát hiện được 2 vị trí đa hình axit amin gồm G17V và D403E. Cấu trúc 3D của protein OsHKTl ở lúa được mô hình hóa và từ đó cho phép dự đoán ảnh hưởng của đa hình nhầm nghĩa đến cấu trúc của protein. Trong nghiên cứu này, phát hiện hai đa hình nhầm nghĩa, tuy nhiên axit amin bị thay thế nằm ở vị trí không quan trọng nên không dẫn đến ảnh hưởng rõ rệt đến cấu trúc của protein OsHKTl. Xác định tần số sử dụng mã bộ ba để dự đoán ảnh hưởng của đa hình đồng nghĩa đến tốc độ dịch mã. Trong bảy vị trí đa hình đồng nghĩa, dự đoán có hai đa hình ở vị trí 360 và 1000 làm tăng tần số sử dụng mã bộ ba, một đa hình ở vị trí 1440 làm giảm tần số sử dụng mã bộ ba. Mối liên quan giữa đa hình gen, đa hình protein với khả năng chịu mặn của các giống lúa được đánh giá thông qua phân tích xác suất thống kê. Kết quả cho thấy đa hình tại vị trí 360, 1209 và 1440 có xu hướng làm tăng khả năng chịu mặn của giống lúa, đa hình tại vị trí 1000 lại có xu hương làm giảm khả năng chịu mặn của các giống lúa.
|
